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Riserva naturale Palude di San Martino
La Palude di San Martino a Vezia riveste un'importanza nazionale sia come palude bassa che sito di riproduzione di anfibi. È uno degli ultimi nove siti in cui è presente il tritone punteggiato meridionale, considerato dalla Lista Rossa come particolarmente minacciato. Presenti pure altri due anfibi elencati dalla Lista Rossa: il tritone crestato e la rana dalmatina.
Riserva naturale Biotopo AlpTransit Gaïsc - Bodio
Il biotopo di Gaìsc è posizionato proprio sopra il portale sud della galleria ferroviaria di base. Costruito da Alp Transit come misura di compensazione ecologica del nuovo tracciato ferroviario, questo biotopo è composto da arbusteti, zone di prato secco e uno stagno.
Riserva naturale Laghetto di Muzzano
Il laghetto di Muzzano (22 ettari) fu acquistato da Pro Natura Svizzera nel 1945 e la proprietà fu estesa nel corso degli anni a numerose particelle situate lungo le sue rive.
Riserva naturale Torbiera della Bedrina
La riserva della Bedrina si trova in Valle Leventina a 1230 metri di quota tra i comuni di Prato e Dalpe. Essa comprende tre biotopi umidi d'importanza nazionale circondati da boschi di betulle da cui prende il nome la zona (Bèdra in dialetto significa betulla), da boschi di conifere e prati da sfalcio. Si distingue una zona centrale di torbiera, un piccolo nucleo di torbiera più a nord e una palude sulla collina a sud della zona centrale.
Riserva naturale Bolle di Magadino
L'area protetta comprende una zona centrale di circa 135 ettari presso le foci del Ticino e della Verzasca e zone limitrofe grandi cinque volte tanto. Istituita dal Cantone nel 1974/79 dopo una laboriosa trattativa con Pro Natura, essa è gestita dalla Fondazione Bolle di cui fanno parte, oltre al Cantone e alla Confederazione, anche Pro Natura e il WWF.
Riserva naturale Cugnoli Curti
Il biotopo di Cugnoli Curti fa parte dell'Inventario federale delle paludi d'importanza nazionale (Ufficio federale dell'ambiente UFAM, oggetto 2312). La zona principale, costituita da due grandi stagni, da boschi palustri e praterie a piccole carici è gestito da Pro Natura che ne intende promuovere la qualità e le funzionalità ecologiche tramite un piano di gestione da attuare in collaborazione con l'Ufficio della Natura e del Paesaggio e con il Parco del Piano di Magadino.
Riserva naturale Biotopo AlpTransit Pasquerio - Pollegio
Situato a Pollegio, questo ambiente naturale è stato ristrutturato a partire da elementi pre-esistenti. In quest'area sono infatti sempre esistiti importanti ambienti umidi e stagni che hanno però subito costanti riduzioni di superficie, prima da parte della costruzione dell'autostrada ed in seguito da parte della linea ferroviaria veloce.
Riserva naturale Biotopo AlpTransit Froda - Biasca
Situato a sud di Biasca e lontano dall'area abitata, questo è uno degli stagni AlpTransit più isolati. Esso presenta una vegetazione di prato magro e arbustiva e uno stagno in falda.
Riserva naturale Biotopo AlpTransit Fiéu - Biasca
Questo stagno, alimentato da una roggia che prende origine dal fiume Brenno, ha maggiormente una vocazione didattica ma vista la sua posizione offre anche un punto di sosta per numero se specie che si muovono all'interno del reticolo ecologico regionale. Quest'ultimo è compromesso ma in futuro sarà possibile intervenire su diversi corsi d'acqua per ripristinarne in parte le funzionalità ecologiche.